什么是PDB文件?

如何打开,编辑和转换PDB文件

具有PDB 文件扩展名的文件很可能是以程序数据库格式创建的文件,用于保存有关程序或模块的调试信息,如DLLEXE文件。 他们有时被称为符号文件。

PDB文件将源代码中的各种组件和语句映射到其最终编译产品,然后调试器可以使用它们查找源文件以及可执行文件中应停止调试过程的位置。

一些PDB文件可能改为蛋白质数据库文件格式。 这些PDB文件是存储关于蛋白质结构的坐标的纯文本文件。

其他PDB文件可能是以Palm数据库或PalmDOC文件格式创建的,并且与PalmOS移动操作系统一起使用 。 此格式的某些文件使用.PRC文件扩展名。

如何打开PDB文件

不同的程序使用自己的PDB文件以某种结构化数据库格式存储数据,因此每个应用程序都用于打开其自己的PDB文件类型。 Geneious,Intuit Quicken,Microsoft Visual Studio和Pegasus仅仅是可能使用PDB文件作为数据库文件的几个例子。 Radare和PDBparse也可能用于打开PDB文件。

一些PDB文件以纯文本形式存储,如Geneious的“程序调试数据库”文件,如果在文本编辑器中打开,则它们是完全可读的。 您可以使用任何可以读取文本文档的程序来打开这种PDB文件,例如Windows中的内置记事本程序。 其他一些PDB文件查看器和编辑器包括Notepad ++和Brackets。

其他PDB数据库文件不是文本文件,只有在打算使用该程序时才有用。 例如,如果您的PDB文件以某种方式与Quicken相关,则尝试使用该软件查看或编辑PDB文件。 Visual Studio希望在与DLL或EXE文件相同的文件夹中看到PDB文件。

您可以使用Avogadro在Windows,Linux和macOS中查看和编辑蛋白质数据库文件的PDB文件。 Jmol,RasMol,QuickPDB和USCF Chimera也可以打开一个PDB文件。 由于这些文件是纯文本文件,因此您也可以在文本编辑器中打开PDB文件。

Palm Desktop应该能够打开Palm数据库文件格式的PDB文件,但您可能必须先将其重命名为具有.PRC文件扩展名才能识别该程序。 要打开PalmDOC PDB文件,请尝试使用STDU查看器。

如何转换PDB文件

程序数据库文件很可能不会转换为不同的文件格式,至少不会使用常规的文件转换器工具 。 相反,如果有任何工具可以转换这种类型的PDB文件,它将是可以打开它的相同程序。

例如,如果您需要从Quicken转换您的PDB数据库文件,请尝试使用该程序执行此操作。 然而,这种类型的转换可能不仅没有多大用处,而且在这些数据库应用程序中也不受支持(即,您可能不需要将此类PDB文件转换为任何其他格式)。

蛋白质数据库文件可以使用MeshLab转换为其他格式。 为此,您可能必须首先将文件>保存图像> VRML菜单中的PyMOL将PDB文件转换为WRL,然后在MeshLab中导入WRL文件,并使用文件>导出网格为菜单最终转换PDB文件转换为STL或其他文件格式。

如果您不需要使用颜色模型,可以使用USCF Chimera将PDB文件直接导出到STL(下载链接位于上方)。 否则,您可以使用与上述相同的方法(使用MeshLab)将USP嵌套的PDB转换为WRL,然后使用MeshLab将WRL文件导出到STL。

要将PDB转换为PDFEPUB ,如果您有PalmDOC文件,可能有多种方式,但最简单的方法是使用像Zamzar这样的在线PDB转换器。 您可以将您的PDB文件上传到该网站,以选择将其转换为这些格式以及AZW3,FB2, MOBI ,PML,PRC,TXT和其他eBook文件格式。

要将PDB文件转换为FASTA格式,可以使用Meiler Lab的在线PDB到FASTA转换器完成。

也可以使用PDBx / mmCIF在线将PDB转换为CIF(Crystallographic Information格式)。

高级阅读PDB文件

您可以阅读更多关于来自Microsoft,GitHub和Wintellect的程序数据库文件。

还有更多要了解蛋白质数据库文件; 请参阅全球蛋白质数据库和RCSB PDB。

你的文件仍然没有打开?

没有使用上述任何工具打开的PDB文件可能实际上不是PDB文件。 可能发生的情况是您误解了文件扩展名; 某些文件格式使用的后缀非常类似于“.PDB”,当它们非常不相关并且工作不相同时。

例如,PDF文件是一个文档文件,但如果您尝试用这些软件程序打开一个文件,则上面的大多数程序都不会正确地显示文本和/或图像。 对于其他带有类似拼写文件扩展名的文件(如PD,PDE,PDC和PDO文件)也是如此。

PBD是属于EaseUS Todo Backup程序的另一个程序,因此只有在使用该软件打开时才有用。

如果您没有PDB文件,请研究文件扩展名,以便您可以找到打开或转换它的相应程序。